โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี เป็นสถาบันการศึกษาที่ก่อตั้งขึ้นเป็นลำดับที่ ๘ ของมูลนิธิคณะเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทย
ตั้งอยู่ในหมู่บ้านเศรษฐกิจ เลขที่ ๓๐ หมู่ ๓ แขวงบางไผ่ เขตบางแค กรุงเทพมหานคร ๑๐๑๖๐ โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี เกิดขึ้นด้วยดำริของท่านภราดาผู้ใหญ่ที่ปรารถนาจะให้มีโรงเรียนของภราดาคณะเซนต์คาเบรียลในจังหวัดธนบุรี เพื่อจัดการศึกษา
ให้แก่กุลบุตรฝึกฝนให้เป็นคนมีความรู้ มีคุณธรรมและความดีงาม กอปรกับในขณะนั้น โรงเรียนอัสสัมชัญกรุงเทพ และ
โรงเรียนเซนต์คาเบรียล มีนักเรียนไปสมัครเข้าเรียนจำนวนมากแต่โรงเรียนทั้งสอง ไม่สามารถสนองความต้องการของผู้ปกครอง
ได้ทั้งหมด
          ดังนั้น ท่านภราดายอห์น แมรี่ อธิการเจ้าคณะแขวงในขณะนั้นและท่านภราดา ฟ.ฮีแลร์ จึงได้ติดต่อปรึกษาหารือ กับ
คุณไถง สุวรรณทัต ซึ่งเป็นศิษย์เก่าโรงเรียนอัสสัมชัญกรุงเทพ อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดธนบุรีและอดีตนายกเทศมนตรี
เทศบาลนครธนบุรี ซึ่งขณะนั้นกำลังเปิดโครงการจัดสรรที่ดินขนาดใหญ่แห่งแรกของประเทศไทย ในอำเภอภาษีเจริญ และ อำเภอ
หนองแขมจังหวัดธนบุรี ซึ่งคุณไถง สุวรรณทัต ได้รับทราบถึงความต้องการของคณะภราดาเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทย จึงได้บริจาคที่ดิน จำนวน ๕๖ ไร่ ๑ งาน ๙ ตารางวา ให้แก่คณะเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทยเพื่อจัดตั้งโรงเรียนแห่งใหม่ ่ในฝั่งธนบุรี แรกเริ่มดำเนินการก่อสร้างอาคารหลังแรกเป็นเรือนไม้ ๒ ชั้นใช้เป็นบ้านพักคณะภราดาโดยให้ชื่อว่า"บ้านมงฟอร์ต"
กระทรวงศึกษาธิการอนุญาตให้เปิดดำเนินการสอนได้เป็นปีการศึกษาแรกเมื่อ วันที่ ๑๕ พฤษภาคม๒๕๐๔ โดยรับนักเรียนชายล้วน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑-๕ และ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๒-๓(ชั้นมัธยมหลักสูตรเก่า ม.๒ เทียบกับชั้น ป.๖ ตามหลักสูตร ๒๕๒๔)
โดยในปีการศึกษาแรกมีห้องเรียน ๗ ห้องเรียน นักเรียน ๙๗ คน แบ่งการเรียนเป็นปีละ ๓ ภาคเรียน มี ภราดาอาร์ซีเนียว อานเกล อินฟานเต เป็นอธิการคนแรก และภราดามาร์ติน ประทีป โกมลมาศ เป็นครูใหญ่ มีครู ๕ คน
          เมื่อวันที่ ๑๒ กรกฎาคม ๒๕๑๕ โรงเรียนได้รับการรับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาลโดยกระทรวงศึกษาธิการ ใน
ปี ๒๕๑๖ โรงเรียนได้ซื้อที่ดินด้านหลังเพื่อขยายโรงเรียนเพิ่มอีก ๑๐ ไร่ ๙ ตารางวา โรงเรียนได้มีการพัฒนาอาคารสถานที่เพื่อ
รองรับความเจริญของชุมชนมาโดยตลอด และ ในปีการศึกษา ๒๕๒๕ ดำเนินการจัดทำหลักสูตรและขออนุญาตจากกรมวิชาการ
กระทรวงศึกษาเพื่อสอนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๖ และได้รับอนุญาตให้เปิดสอนได้ โดยในปีแรกได้เปิดสอนชั้นมัธยมศึกษา ๔
มี ๒ แผนการเรียน แผนการเรียนละ ๑ ห้องเรียนคือ
          ๑. แผนการเรียนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์
          ๒. แผนการเรียนอังกฤษ-คณิตศาสตร์
          ในปีการศึกษา ๒๕๔๐ โรงเรียนได้ขออนุญาตจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนใบอนุญาตเลขที่ กส ๔๖/๒๕๔๐
ให้เปิดรับผู้เรียนหญิงเข้าเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ – ๖
          ปีการศึกษา ๒๕๔๘ โรงเรียนเปิดดำเนินการโครงการจัดการเรียนการสอนภาคภาษาอังกฤษ English Programme
โดยใช้หลักสูตรสถานศึกษา ได้รับการอนุญาต จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการ โดยเริ่มทำการ
สอนในระดับชั้น ประถมศึกษาปีที่ ๑ ประถมศึกษาปีที่๔ และมัธยมศึกษาปีที่๑ ระดับชั้นละ ๒ ห้องเรียน
          ปัจจุบันมีอาคารเรียนและอาคารประกอบจำนวน 23 หลัง มีจำนวนห้องเรียน 93 ห้อง ห้องสมุด ห้องคอมพิวเตอร์ ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ห้องดนตรี ห้องแนะแนว ห้องปฏิบัติการภาษาต่างประเทศ ห้องพยาบาล ห้องไฟฟ้า ห้องโสตทัศน์ ห้องกิจกรรมชมรมต่าง ๆ ห้องอาคารครู ห้องอาหารนักเรียน ฯลฯ
          แนวนโยบาย การบริหารท่านผู้อำนวยการอาจารย์ใหญ่คนปัจจุบันเน้นการนำเทคโนโลยี ทันสมัย มาประยุกต์ใช้ในการพัฒนา
ครู พัฒนานักเรียน ปรับปรุงแผนการศึกษาทุกด้านเพื่อส่งเสริมให้นักเรียนเป็นบุคคลที่พร้อม ทั้งด้านสติปัญญาร่างกาย จิตใจ และ
มีคุณธรรมให้สามารถอยู่ในสังคมได้อย่างมีความสุขทั้งยังพัฒนาอาคารสถานที่เพื่อการศึกษา ของโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี
ให้เป็นโครงการพัฒนาการศึกษาที่ก้าวกระโดดท้าทายคณะผู้บริหาร ครู อาจารย์ และต่อการศึกษา ของเด็กและเยาวชนเป็นอย่างยิ่ง
ในขณะเดียวกันก็ได้พัฒนาคุณภาพครู อาจารย์ ด้วยการให้ไปดูงานต่างประเทศไปอบรมสัมนา เพื่อเพิ่มพูนความรู้ และจัดหาเงิน
กองทุนสวัสดิการครูเพื่อสร้างขวัญกำลังใจแก่คณะครูอาจารย์ในโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี