โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรีเป็นสถาบันการศึกษาที่ก่อตั้งขึ้นเป็นลำดับที่ 8 ในจำนวน 14 สถาบันการศึกษาของมูลนิธิคณะเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทย ก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.2504 ด้วยดำริของท่านภราดาผู้ใหญ่ที่ปรารถนาให้มีโรงเรียนของภราดาคณะเซนต์คาเบรียลในจังหวัดธนบุรี เพื่อจัดการศึกษาให้แก่บุตรหลาน ด้วยการฝึกฝนให้เป็นคนอ่านออก  เขียนได้  คิดเลขเป็น  และมีหลักศาสนาในการดำเนินชีวิต  ตามแนวทางของนักบุญหลุยส์มารี เดอ มงฟอร์ต ผู้สถาปนาคณะเซนต์คาเบรียล  ดังนั้น ท่านเจษฎาธิการ ยอห์น แมรี่ อธิการเจ้าคณะแขวงฯในขณะนั้นและท่านเจษฎาจารย์ ฟ.ฮีแลร์ จึงได้ปรึกษาหารือกับคุณไถง  สุวรรณฑัต ซึ่งเป็นศิษย์เก่าโรงเรียนอัสสัมชัญกรุงเทพ อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดธนบุรี และอดีตนายกเทศมนตรีเทศบาลนครธนบุรี  คุณไถง  สุวรรณฑัต จึงได้บริจาคที่ดิน 56 ไร่ 1 งาน 9 ตารางวา ให้แก่มูลนิธิฯเพื่อสร้างโรงเรียน และได้รับอนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการให้ดำเนินการเปิดทำการสอนได้ตามใบอนุญาตที่ 43 / 2504 ลงวันที่ 15 พฤษภาคม 2504 และต่อมาได้รับการรับรองวิทยฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ.2515 โดยคณะภราดาผู้บริหารโรงเรียนฯ ร่วมกับคณะครูได้พัฒนาทั้งในด้านอาคารสถานที่  การจัดการเรียนรู้ การพัฒนาบุคลากรในการจัดการศึกษามาตามลำดับจนถึงปัจจุบัน โดยมูลนิธิคณะเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทย แต่งตั้งคณะภราดาหมุนเวียนมาเป็นผู้บริหารโรงเรียนฯตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน

           ปัจจุบันโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี มีที่ดินจำนวน 79 ไร่ 1 งาน 57 ตารางวา มีอาคารเรียนและอาคารประกอบรวม 12 หลัง ห้องเรียน 91 ห้องและห้องประกอบการต่างๆ อาทิ ห้องศูนย์การเรียน ห้องสมุดระดับประถมศึกษาและระดับมัธยมศึกษา ห้องคอมพิวเตอร์ ห้องอินเตอร์เน็ต ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ห้องไฟฟ้า ห้องแนะแนว ห้องพยาบาล ห้องเรียนสีเขียว ห้องโสตฯ   อาคารหอประชุมหลุยส์มารี เดอ มงฟอร์ต  อาคารรัตนบรรณาคาร   อาคารเซนต์คาเบรียล อาคารอิลเดอฟองโซ อาคารอัสสัมชัญ อาคารราฟาแอล อาคารเซนต์แมรี่ อาคารเซนต์ยอแซฟ อาคารยอห์นแมรี่ อาคารเซนต์แอนดรูว์  อาคารเซนต์มาร์ติน นอกจากนี้มีสระว่ายน้ำเทิดเทพรัตน์ 36 ขนาดมาตรฐานโอลิมปิก (50x25 ม.) และขนาดเล็ก (25x12 ม.) สนามกรีฑาขนาด 8 ช่องวิ่ง  สนามฟุตบอลขนาดมาตรฐาน สนามบาสเกตบอล สนามตระกร้อ สนามวอลเลย์บอล  และแหล่งเรียนรู้  อาทิ   กรงนกใหญ่  บ่อเลี้ยงปลา  แปลงเกษตรสาธิตและสวนพรรณไม้ในวรรณคดีที่ร่มรื่นรอบบริเวณ

            โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ดำเนินการเปิดการเรียนการสอนในระดับชั้น ป.1 - ป.6 (ชาย) - ระดับชั้น ม.1 - ม.3 (ชาย) และระดับชั้น ม.4 - ม.6 (สหศึกษา) ปัจจุบันภราดา ดร.ศักดา สกลธวัฒน์ ดำรงตำแหน่งผู้รับใบอนุญาต / ผู้อำนวยการ

1. ภราดาอาซีเนียว อานเกล อินฟานเต (พ.ศ.2504)

  ปี พ.ศ.2504 แรกเริ่มดำเนินการก่อสร้างอาคารหลังแรกเป็นเรือนไม้ 2 ชั้น ใช้เป็นบ้านพักคณะภราดาว่า  "บ้านมงฟอร์ต" ค่าก่อสร้าง 100,000 บาท ต่อมาจึงดำเนินการก่อสร้างอาคารเรือนไม้ชั้นเดียว ขนาด 13 ห้องเรียน ยาว 104 เมตร ภายใต้การดำเนินงานของภราดายอห์น แมรี่ โดยคุณไถง สุวรรณทัต ได้ให้ความช่วยเหลือในด้านวัสดุอุปกรณ์และผู้ปกครองได้ร่วมบริจาคเงินสนับสนุนการก่อสร้าง

 กระทรวงศึกษาธิการอนุญาตให้เปิดดำเนินการสอนได้เป็นปีการศึกษาแรกโดยรับนักเรียน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-5 และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2-3 (ชั้นมัธยมหลักสูตรเก่า ม.2 เทียบกับชั้น ป.6 ตามหลักสูตร พ.ศ.2524) เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2504 โดยในปีการศึกษาแรกมี 7 ห้องเรียน  นักเรียน 97 คนและในภาคเรียนที่ 3 (แบ่งการเรียนเป็นปีละ 3 ภาคเรียน) มีนักเรียนเพิ่มขึ้นเป็น 123 คน และมีภราดาอาร์ซีเนียว อานเกล  อินฟานเต  เป็นอธิการคนแรก และภราดามาร์ติน  ประทีป  โกมลมาศ    เป็นครูใหญ่คนแรกมีครูทั้งหมด 5 คน

2. ภราดาอิลเดอฟองโซ มาเรีย ซิซีเรีย (พ.ศ.2505-2507)

ปี พ.ศ.2505 ภราดาอิลเดอฟองโซมาเรีย ดำรงตำแหน่งอธิการลำดับที่ 2 จำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้นตามลำดับ ในปีการศึกษา 2506 ท่านได้ต่อเติมอาคารไม้ออกไปอีก 3 ห้องเรียนและสร้างบ้านพักภราดาใหม่เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 2 ชั้น (ปัจจุบันรื้อถอนแล้ว) โดยมีภราดาเลโอ วิศิษฐ์  ศรีวิชัยรัตน์ ได้ย้ายมาประจำอีกท่านหนึ่ง

ปี พ.ศ.2507 ได้ต่อเติมอาคารไม้เพิ่มอีก 6 ห้องเรียน แต่ก็ยังไม่เพียงพอต่อจำนวนนักเรียน

3. ภราดาฟิลิป อำนวย ปิ่นรัตน์ (พ.ศ.2508-2508)

ปี พ.ศ.2508 ภราดาฟิลิป อำนวย ปิ่นรัตน์ รับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 3 ประมาณ 3 เดือน และไปรับตำแหน่งอธิการเจ้าคณะเซนต์คาเบรียลแขวงประเทศไทย แทน เจษฎาธิการ ยอห์น แมรี่ ซึ่งไปเป็นที่ปรึกษาอัคราธิการที่กรุงโรม สาธารณรัฐอิตาลี

4. ภราดาแอนดรู อารมณ์  วรศิลป์ (พ.ศ.2508-2510)

ปี พ.ศ.2508-2510 ภราดาเลโอ วิศิษฐ์  ศรีวิชัยรัตน์ เป็นครูใหญ่ ท่านจึงได้สร้างอาคารคอนกรีตชั้นเดียวทรงญี่ปุ่น ขนาด   10 ห้องเรียน 1 หลัง สร้างบ้านพักครูขึ้น 5 หลัง (ปัจจุบันได้ทำการรื้อถอนออกไปหมดแล้ว) สร้างสนามฟุตบอลขนาดมาตรฐานและสนามบาสเกตบอลอีก 2 สนาม และเริ่มสร้างอาคารคอนกรีต 3 ชั้น ขนาด 12 ห้องเรียน คืออาคารเซนต์คาเบรียลในปัจจุบัน แต่การก่อสร้างยังไม่เสร็จ  ท่านก็ย้ายไปประจำที่อื่นในปี พ.ศ. 2511

5. ภราดาเลโอ วิศิษฐ์  ศรีวิชัยรัตน์  (พ.ศ.2511-2516)

 ปี พ.ศ.2511 ภราดาเลโอ วิศิษฐ์  ศรีวิชัยรัตน์ เข้าดำรงตำแหน่งอธิการลำดับที่ 5 ได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารเซนต์คาเบรียล ต่อจนเสร็จและสร้างอาคารคอนกรีต 3 ชั้นขึ้นอีก 1 หลัง ปัจจุบันคืออาคารอิลเดอฟองโซ ประกอบพิธีเปิดอาคารในวันที่ 13 พฤศจิกายน 2514 โดยนายสุกิจ  นิมมานเหมินทร์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในขณะนั้นเป็นประธาน

 ปี พ.ศ.2515 โรงเรียนได้รับรองวิทยาฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล โดย กระทรวงศึกษาธิการ  เมื่อวันที่  12 กรกฎาคม  2515

 ปี พ.ศ.2516  โรงเรียนได้ซื้อที่ดินทางด้านหลังเพื่อขยายโรงเรียนเพิ่มอีก 10 ไร่ 9 ตารางวา

6. ภราดาบัญชา  แสงหิรัญ (พ.ศ.2517-2520)

ปี พ.ศ.2518 ภราดาบัญชา  แสงหิรัญ มารับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 6 ดำเนินการขยายห้องสมุดให้มีขนาด  6 ห้องเรียน ซื้อเครื่องมืออุปกรณ์วิทยาศาสตร์ให้นักเรียนทำการทดลองด้วยตนเอง และขยายหอพักนักเรียนเพื่อรับนักเรียนจากต่างจังหวัดได้เพิ่มมากขึ้น และซื้อที่ดินเพิ่มอีกรวมเป็นเนื้อที่ 77 ไร่ 3 งาน 98  ตารางวา หลังจากนั้นได้สร้างกำแพงคอนกรีตด้านหน้าโรงเรียนแทนรั้วลวดหนามและรั้วต้นเฟื่องฟ้าตลอดแนว

7. ภราดาสมพงษ์  ศรีสุระ  (พ.ศ.2521-2526)

ปี พ.ศ.2521 ภราดาสมพงษ์  ศรีสุระ มาดำรงตำแหน่งอธิการลำดับที่ 7 ได้ขยายห้องเรียนจากชั้นละ 4 ห้องเรียนเป็น 5 ห้องเรียน และรื้อถอนอาคารไม้ทางทิศตะวันตกออกไป 14 ห้องเรียน เพื่อก่อสร้างอาคารคอนกรีต 4 ชั้น ขนาด 21 ห้องเรียนเรียกว่า "อาคาร 4"  ปัจจุบันคืออาคารอัสสัมชัญ

 ปี พ.ศ.2523 เริ่มมีเพลงมาร์ชอัสสัมชัญธนบุรี เป็นเพลงประจำโรงเรียน โดย มาสเตอร์วรชัย  ศรีเดชา เป็นผู้ประพันธ์เนื้อร้อง มาสเตอร์ไพบูลย์  กิจสวัสดิ์ ผู้ให้ทำนอง และมาสเตอร์ทวี   ปัญญา ปรับปรุงเนื้อร้องและทำนอง จนสมบูรณ์ และเปิดให้นักเรียนได้ร้องเพลงดังกล่าวเป็นประจำทุกสัปดาห์จนถึงปัจจุบัน

 ปี พ.ศ.2524-2525 อธิการสมพงษ์ ศรีสุระ ดำริที่จะเปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย โดยมอบหมายให้มาสเตอร์ทวี  ปัญญา ผู้ช่วยอาจารย์ใหญ่ฝ่ายวิชาการ ดำเนินการจัดทำหลักสูตรและขออนุญาตจากกรมวิชาการ กระทรวงศึกษา และได้รับอนุญาตให้เปิดสอนได้ในปีการศึกษา 2525 ในปีแรกนี้เปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 มี 2 แผนการเรียน แผนการเรียนละ 1 ห้องเรียนคือ แผนการเรียนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์  และ แผนการเรียนอังกฤษ-คณิตศาสตร์

 ปี พ.ศ.2525 ได้ก่อตั้งวงดนตรีไทย โดย มาสเตอร์ทวี  ปัญญา เป็นผู้วางแผนและควบคุมการสอน

 ปี พ.ศ.2526 มอบหมายให้ มาสเตอร์วิชิต  กาฬกาญจน์ หัวหน้างานปกครองชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย ดำเนินการขออนุญาตจากกรมการรักษาดินแดนให้นักเรียนได้เข้าเรียนเป็นนักศึกษาวิชาทหาร ซึ่งนักเรียนได้เริ่มเรียน รด. ตั้งแต่ปีการศึกษา 2526 เป็นต้นไป และมอบหมายให้ มาสเตอร์ทวี  ปัญญา เป็นผู้วางแผนก่อตั้งวงโยธวาทิต  รวมทั้งเป็นผู้ควบคุมและฝึกซ้อม

8. ภราดามีศักดิ์  ว่องประชานุกูล  (พ.ศ.2527-2534)

 ปี พ.ศ.2527 ภราดามีศักดิ์ ว่องประชานุกูล ได้เข้ามาดำรงตำแหน่งอธิการลำดับที่ 8 ท่านได้วางแผนพัฒนา     โรงเรียนอย่างมีระบบเป็นครั้งแรก ได้ใช้วิธีการวิจัยเข้ามาวางแผนแม่บท โดยจัดโครงการพัฒนาอาคารสถานที่ระยะ 12 ปี (พ.ศ.2529-2540) นอกจากนี้ ได้ดำเนินการก่อสร้างและปรับอาคารสถานที่ให้เอื้ออำนวยต่อการเรียนการสอนมากมาย อาทิ ปรับพื้นที่รกร้างด้านหลังอาคารเป็นสนามฟุตบอลขนาดมาตรฐาน ปรับปรุงระบบโทรศัพท์ภายนอกโทรศัพท์ภายใน  เจาะบ่อบาดาลทางด้านทิศเหนือของโรงอาหาร  ติดตั้งเครื่องกรองน้ำใหญ่ 5 เครื่อง เพื่อให้นักเรียนมีน้ำดื่มน้ำใช้ที่สะอาด  จัดตั้งหน่วยงานแนะแนวทางการศึกษาขึ้น เพื่อจัดเป็นหน่วยให้บริการสนเทศ ทางการศึกษาและอาชีพตลอดจนการปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม และสังคมอย่างถูกต้องเหมาะสม  ริเริ่มส่งเสริมให้ครูและนักเรียนฝึกสมาธิทุกวันในเวลาเช้า

 ปี พ.ศ.2528 ได้ดำเนินการบริหารโรงเรียนตามแม่บท ได้จัดตั้งหน่วยงานวัดผลและประเมินผลระดับประถมศึกษาเพื่อพัฒนาการสอนให้เป็นมาตรฐาน จัดทำแผนพัฒนาโรงเรียนระยะ 12 ปี สร้างอาคารเรียนคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น ยาว 64 เมตร ขนาด 21 ห้องเรียนเชื่อมต่อกับ   อาคารอัสสัมชัญ ทางทิศตะวันออก   สร้างห้องพักครูตรงที่ว่างระหว่างอาคาร 4 ชั้นเดิม และอาคาร 4 ชั้นใหม่ 3 ห้อง มีห้องน้ำอยู่ภายใน    สร้างห้องน้ำครูประถม 2 ห้องใหญ่  เปลี่ยนโต๊ะนักเรียนฝ่ายประถมทั้งหมด  เปลี่ยนโต๊ะครูทั้งโรงเรียนเป็นโต๊ะเหล็กทั้งหมด

 ปี พ.ศ.2529 ฉลองครบรอบ 25 ปี และได้กราบทูลเชิญพระวรวงศ์เธอพระองค์เจ้าโสมสวลี พระวรชายาฯ ในสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมงกุฎราชกุมาร เสด็จเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดอาคารอัสสัมชัญ ก่อตั้งสมาคมศิษย์เก่าอัสสัมชัญ ขยายห้องเรียนจากชั้นละ 5 ห้องเรียน เป็น 6 ห้องเรียนวางโครงสร้างระบบบริหารใหม่ เพื่อเปิดโอกาสให้ครูฆราวาสเข้ามามีส่วนร่วมในการบริหารโรงเรียน พัฒนาวิชาการ โดยร่วมโครงการผู้นำหลักสูตรปรับปรุงของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน ปรับปรุงห้องสมุด ห้องพยาบาล ห้องวิทยาศาสตร์ ห้องพักครู

 ปี พ.ศ.2530  จัดสร้างอาคารประชาสัมพันธ์ การเงิน (ปัจจุบันเป็นห้องวัดผล) และปรับปรุงอาคารเรียนทุกอาคาร ซื้อที่ดิน 80 ตารางวา ด้านทิศตะวันออกเพื่อสร้างประตูเข้าออกเพิ่มขึ้น จัดตั้งสมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี

 ปี พ.ศ.2531 สร้างอาคารโรงอาหาร (อาคารเซนต์แมรี่) จัดตั้งโรงเรียนคอมพิวเตอร์ สนับสนุนและส่งเสริมวงโยธวาทิตเข้าแข่งขัน โดยได้รับรางวัลชนะเลิศเขตกรุงเทพมหานคร และรองชนะเลิศอันดับ 3 ของประเทศ ดำเนินการสร้างถังน้ำเหล็กเก็บน้ำสูง 17 เมตร สร้างห้องสุขาเพื่อให้เพียงพอกับความต้องการของนักเรียน สร้างประตูทางด้านทิศตะวันออกเพื่อช่วยให้การจราจรคล่องตัวขึ้น ปรับปรุงระบบบ่อบาดาลใหม่ ซื้อที่ดินด้านตะวันออกเพิ่มอีก  40 ตารางวา เพื่อสร้างประตูทางออก

 ปี พ.ศ.2532  ดำเนินการสร้างสนามฟุตบอลและสนามกีฬาขนาดมาตรฐานมีลู่วิ่ง 7 ลู่ ยาว 400 เมตร สนับสนุนและส่งเสริมวงโยธวาทิตเข้าประกวดได้รางวัลชนะเลิศเขตกรุงเทพมหานคร และ   รองชนะเลิศอันดับ 1 ของประเทศไทย สร้างอาคารเรียนชั่วคราวระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย จำนวน 13 ห้องเรียน สร้างอาคารเก็บพัสดุครุภัณฑ์และห้องเรียนหมวดการงาน (อาคารเซนต์โยเซฟ) ปรับปรุงวงดนตรีไทย เพื่อส่งเสริมนักเรียนที่มีความสามารถด้านดนตรีไทย วางแผนและทำโครงสร้างสระว่ายน้ำขนาดมาตรฐาน สร้างที่ดื่มน้ำนักเรียนด้านหลังอาคารอัสสัมชัญ 6 จุด ปรับปรุงห้องประชุมอาคาร 2 โดยติดม่านและเครื่องปรับอากาศเปลี่ยนท่อประปาในโรงเรียนใหม่ทั้งหมด ได้รับบริจาคที่ดินติดกำแพงด้านทิศตะวันออกจากคุณไถง สุวรรณฑัต จำนวน 163 ตารางวา ได้รับบริจาคที่ดิน 100 ไร่ จากคุณสุรชัย  กิจบำรุง ที่ ต.ยางหัก อ.ปากท่อ จ.ราชบุรี เพื่อเตรียมสร้างค่ายลูกเสือ ซื้อที่ดิน 99 ตารางวา เพื่อสร้างเตาเผาขยะขยายการสอนวิชาคอมพิวเตอร์ให้กับนักเรียนชั้น ป.5-ม.6

 ปี พ.ศ.2533  ติดตั้งเครื่องคอมพิวเตอร์ระบบ LAN สำหรับส่วนบริหารจำนวน 16 จุด ติดตั้งโทรศัพท์สายนอกเพิ่มอีก  5 หมายเลข และขยายโทรศัพท์ภายในเพิ่มเป็น 75 หมายเลข สร้างเตาเผาขยะ ทำถนนล้อมสนามกีฬา และติดตั้งไฟฟ้าสนามฟุตบอล 4 เสา สูง 15 เมตร สร้างอัฒจันทร์และกระถางคบเพลิง รับอุปถัมภ์สโมสรลูกเสือรัตนโกสินทร์ ซึ่งเป็นสมาคมลูกเสือคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทย สร้างลานจอดรถ และทางเดินเท้าหลังอาคารอัสสัมชัญ สร้างอาคารเรือนไทย (บ้านคีตวัณณ์) ปัจจุบันรื้อถอนแล้ว  สร้างอาคารสระว่ายน้ำเทิดเทพรัตน์ 36 (ขนาดมาตรฐานโอลิมปิก) เพื่อให้นักเรียนได้ออกกำลังกายพร้อมทั้งห้องออกกำลังกายและซาวน์น่า และสร้างอาคารโรงซ่อมบำรุงเป็นคอนกรีตเสริมเหล็กขนาดชั้นครึ่ง

 ปี พ.ศ.2534  สร้างลานจอดรถ และทางเดินเท้าหลังอาคารอัสสัมชัญตลอดแนว และจัดซื้อเครื่องดนตรีเพิ่มเติมสำหรับวงโยธวาทิต และวงสตริงคอมโบ เปลี่ยนโทรศัพท์สาธารณะจากเครื่องภายในอาคารเป็นตู้โทรศัพท์นอกอาคาร 2 ชุด ติดตั้งโทรศัพท์ภายนอกเพิ่มอีก 9 หมายเลขและขยายโทรศัพท์ภายในเพิ่มเป็น 100 หมายเลข เพื่อรองรับความเจริญด้านเทคโนโลยี

9. ภราดาอานันท์ ปรีชาวุฒิ  (พ.ศ.2535-2540)

  ปี พ.ศ.2535 ภราดาอานันท์ ปรีชาวุฒิ เข้ามาดำรงตำแหน่งอธิการลำดับที่ 9 (พ.ศ.2535-2540) ต่อจาก ภราดามีศักดิ์ ว่องประชานุกูล ซึ่งย้ายไปประจำที่โรงเรียนอัสสัมชัญลำปาง และภราดาอานันท์  ท่านได้เริ่มวิเคราะห์โครงสร้างการบริหารโรงเรียน และกำหนดนโยบายและแผนภูมิระบบการบริหารใหม่ ทบทวนและปรับปรุงผังแม่บทให้สอดคล้องกับการศึกษาในปัจจุบันและอนาคตปรับปรุงระบบฝ่ายบริหารที่สำคัญ เช่น ฝ่ายการเงินและฝ่ายวิชาการ จัดทำแผนงานและงบประมาณประจำปี ปรับปรุงและติดตั้งระบบเครื่องปรับอากาศห้องประชุมอาคารเซนต์แมรี่ เพื่อใช้สำหรับจัดกิจกรรมต่าง ๆ ของนักเรียน

ในวันที่ 22 มีนาคม 2535 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จเป็นองค์ประธานในพิธีเปิดสระว่ายน้ำเทิดเทพรัตน์ 36

 ปี พ.ศ.2536 ปรับปรุงอาคารสถานที่ให้สอดคล้องกับการศึกษาทุกระดับชั้น ศึกษาโครงการอาคารอำนวยการ อาคารหอสมุด อาคารประถมศึกษา ระบบข้อมูลกลางรวมทั้งการประชาสัมพันธ์ทั้งภายในและภายนอกโรงเรียน สรรหากรรมการที่ปรึกษาด้านการบริหาร จัดสร้างอาคารธุรการและห้องปกครองชั่วคราว เสนออนุมัติโครงการสร้างหอสมุด และศูนย์การเรียนต่อคณะกรรมการที่ปรึกษาของมูลนิธิฯ

 ปี พ.ศ.2537 ขยายโครงการศึกษาของนักเรียนทุกระดับชั้นโดยเพิ่มห้องเรียนเป็นระดับชั้นละ 6  ห้องเรียน และควบคุมจำนวนนักเรียนต่อห้องเรียนให้น้อยลง เริ่มดำเนินการรื้อถอนอาคารเรียน   ชั่วคราวระดับมัธยมปลาย และอาคารญี่ปุ่น ปรับพื้นที่เพื่อทำการก่อสร้างอาคารหอสมุดและศูนย์การเรียน ศึกษาหลักสูตรการเรียนการสอนภาษาอังกฤษกับสถาบันภาษาเบลล์ จากประเทศอังกฤษ โดยปรับอาคารเซนต์โยเซฟชั้นบนเป็นศูนย์ในการดำเนินงานและเปิดสอนในระดับชั้น ม.1 เป็นปีแรก ซึ่งมีพิธีเปิดศูนย์ภาษาอังกฤษอัสสัมชัญธนบุรีเบลล์ โดย ดร.เจริญ คันธวงศ์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ได้ให้เกียรติมาเป็นประธานในพิธี เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2537 นำเทคโนโลยีมาใช้ในการปฏิบัติงานด้านการเรียนการสอนการบริหาร และส่งครูเข้ารับการอบรมด้านต่าง ๆ ทุกด้านเพื่อพัฒนาบุคลากร เริ่มดำเนินการส่งผู้บริหารไปศึกษายังต่างประเทศ จัดโครงการศึกษาภาคฤดูร้อนของนักเรียนและครูยังประเทศอังกฤษ ปรับปรุงระบบเครื่องคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในการเรียนใหม่

 ปี พ.ศ.2538 เพิ่มวิชาคอมพิวเตอร์ในระดับชั้น ป.1 ขยายหลักสูตรการเรียนภาษาอังกฤษเบลล์ ต่อเนื่องจาก ม.1 ถึง ม.2 ขยายชั้นเรียนระดับชั้น ม.1 จาก 6 ห้องเรียน เป็น 7 ห้องเรียน ปรับปรุงห้องเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายโดยติดเครื่องปรับอากาศ พัฒนาบุคลากรทางด้านคอมพิวเตอร์เพื่อการศึกษา  โดยให้ครูทั้งโรงเรียนเข้ารับการอบรมในโปรแกรม Microsoft Word ,Microsoft Excel ดำเนินการก่อสร้างหอสมุดและศูนย์การเรียนให้แล้วเสร็จ ศึกษาโครงการสร้างและออกแบบอาคารเรียนระดับประถม (ป.1-ป.4) ศึกษาระบบต่างๆที่เกี่ยวข้องกับเทคโนโลยีสารสนเทศ (IT) Internet , Multimedia ปลูกฝังและดำเนินการด้านอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมและทรัพยากรธรรมชาติภายในโรงเรียน ศึกษาและดำเนินการแผนพัฒนาโรงเรียนระยะ 5 ปี (พ.ศ.2529-2534) คุณสังวรณ์  ลิปตพัลลภ ศิษย์เก่ารุ่น 4 จัดสร้างถนน     ลาดยางบริเวณหลังสนามฟุตบอลโดยไม่คิดมูลค่าใด ๆ

 ปี พ.ศ.2539 ดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียนระดับประถมศึกษา (ป.1-ป.4) เรียกว่า อาคารราฟาแอล ดำเนินการก่อสร้างสวนกาญจนาภิเษก ร่วมกับสมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนอัสสัมชัญ  ธนบุรี เนื่องในวโรกาสพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ เสด็จขึ้นครองศิริราชสมบัติครบ 50 ปี สร้างอาคารรถรับ-ส่งนักเรียนและปรับปรุงระบบการเดินรถรับ-ส่งนักเรียนให้ทันสมัย สร้างอาคารเรียนชั่วคราวและติดตั้งเครื่องปรับอากาศให้กับนักเรียนระดับชั้น ป.6 ในขณะที่ห้องเรียนปัจจุบันเริ่มไม่เพียงพอแก่ความต้องการของนักเรียนที่เพิ่มขึ้น ก่อสร้างอาคารหอสมุดและศูนย์การศึกษารัตนบรรณาคารจนเสร็จสมบูรณ์และได้รับพระราชทานนามจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เมื่อวันที่ 7 มิถุนายน 2539 ว่า "รัตนบรรณาคาร"  จัดทำโปรแกรมคอมพิวเตอร์เพื่อการบริหาร และการบริการข้อมูลต่าง ๆ ทางโรงเรียน

 ปี พ.ศ.2540  สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จทรงเป็นองค์ประธานพิธีเปิดศูนย์การศึกษารัตนบรรณาคารและเปิดงานฉลองครบรอบ 36 ปี แห่งการก่อตั้งโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ในวันพุธที่ 17 ธันวาคม 2540 สมาคมผู้ปกครองและครูฯ ร่วมกับโรงเรียน จัดสร้างศาลาอเนกประสงค์ "สวนกาญจนา- ภิเษก" เพื่อเป็นที่ระลึกในโอกาสฉลองครบรอบ 50 ปี แด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เริ่มโครงการก่อสร้างหอประชุมอเนกประสงค์หลุยส์ มารี เดอ มงฟอร์ต ปรับปรุงอาคาร 1 เป็นอาคารบริหาร จัดสร้างประตูโรงเรียนใหม่ เปิดสหศึกษา ม.ปลายเป็นปีแรก มีนักเรียนหญิงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 48 คน เพื่ออำนวยความสะดวกให้กับผู้ปกครองได้รับ- ส่งนักเรียนพร้อมกัน

10. ภราดา ดร.เลอชัย  ลวสุต (พ.ศ.2541-2543)

  ปี พ.ศ.2541 ภราดา ดร.เลอชัย  ลวสุต มารับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 10 ท่านได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารหอประชุมอเนกประสงค์ฯ ต่อจากภราดาอานันท์  ปรีชาวุฒิ ซึ่งครบวาระการบริหาร  และได้ทำพิธีเปิดอาคารเรียนราฟาแอลอย่างเป็นทางการ  นอกจากนั้นท่านได้วางนโยบายในการบริหาร เพื่อพัฒนาโรงเรียนดังนี้

1. สร้างความเป็นเลิศทางวิชาการ โดยยึดหลักนักเรียนเป็นสำคัญจัดการศึกษาที่มี  มาตรฐาน มีคุณภาพสูงสุด และเป็นสากล

2. พัฒนานักเรียนให้ไปสู่การเป็นคนทั้งครบ มีพื้นฐานความรู้ที่ลึกซึ้ง รู้จักวิธีการเรียนและค้นคว้าด้วยตนเอง   มีวินัยในตนเอง

3. สนับสนุนและพัฒนาบุคลากรให้มีคุณภาพ และประสิทธิภาพสูงสุด มีแรงจูงใจ มีความสามารถในการค้นคว้าทำงานวิจัย อีกทั้งรู้จักประเมินผลตนเองเป็นระยะ เพื่อให้ทันต่อการเปลี่ยนแปลงในโลกแห่งข่าวสารข้อมูล

4. เป็นผู้นำในการพัฒนาตนเองไปสู่การใช้สื่อเทคโนโลยีทางการศึกษาที่ทันสมัยทั้งด้านคอมพิวเตอร์และเทคโนโลยีสารสนเทศ

 เริ่มการแข่งขันกีฬาภายใน  “ตากสินคัพ”   เพื่อกระตุ้นให้นักเรียนได้ออกกำลังกายโดยการเล่นกีฬา เสริมสร้างพลานามัยที่สมบูรณ์แข็งแรง นอกเหนือจากด้านวิชการ และเข้าร่วมในโครงการโรงเรียนสีขาว  มุ่งเน้นให้สถานศึกษาปลอดจากสารเสพติด

 ปี พ.ศ. 2542 ได้ปรับปรุงอาคารอัสสัมชัญและเปลี่ยนแปลงระบบปรับอากาศทุกห้องเรียนใหม่   เปลี่ยนชื่ออาคาร 1 เป็น อาคารเซนต์คาเบรียล และอาคาร 2 เป็น อาคารอิลเดอฟองโซ  และจัดการบริหารหอประชุมและ ศูนย์ดนตรี   จัดตั้งศูนย์เทคโนโลยีเพื่อการศึกษา  ปรับโครงสร้างการบริหารโรงเรียน และจัดทำบทพรรณนางาน ปรับปรุงด้านอาคารสถานที่  ปรับปรุงระบบไฟฟ้า ระบบเครื่องปรับอากาศ ระบบโทรศัพท์ ระบบ Network ในอาคารเซนต์คาเบรียล และอาคารอิลเดอฟองโซ  ปรับปรุงอาคารสระว่ายน้ำเทิดเทพรัตน์ 36  ริเริ่มโครงการสวนเกษตรผสมผสาน ทฤษฎีใหม่ตามแนวพระราชดำริ

 โรงเรียนได้รับรางวัลโรงเรียนสีขาวเฉลิมพระเกียรติปลอดยาเสพติด  ประจำปีการศึกษา 2542

 ปี พ.ศ. 2543 ปรับปรุงอาคารเซนต์แมรี่ เพื่อให้เหมาะสมต่อการใช้งานและสวยงามเข้ากับอาคารอื่น ๆ    ปรับปรุงการบริหารการเรียนการสอน จนได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทานระดับมัธยมศึกษาขนาดใหญ่ และได้รับรองมาตรฐานการศึกษา จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน   ปรับปรุงห้องธุรการ การเงิน วิชาการ ปกครอง กิจกรรม เพื่อให้เหมาะสม สะดวกสบาย ต่อการให้บริการทั้งผู้ปกครองนักเรียนและชุมชน   ปรับปรุงห้องสมุด จนได้รับรางวัลห้องสมุดดีเด่นระดับประถมศึกษาขนาดใหญ่พิเศษ จากสมาคมห้องสมุดแห่งประเทศไทย ในพระราชูปถัมภ์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี  เข้าร่วมโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ในโครงการพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี     ปรับปรุงอาคารเซนต์คาเบรียล และอาคารอิลเดอฟองโซ โดยการตกแต่งภายใน ทาสี และเปลี่ยนเครื่องปรับอากาศใหม่ ส่งครูไปเรียนภาษาอังกฤษ ที่ประเทศอังกฤษ เป็นเวลา 1 เดือน เพื่อพัฒนาการเรียนการสอนภาษาอังกฤษ    ส่งคณะผู้บริหารไปศึกษาดูงานต่างประเทศ (ยุโรป) และคณะครูทั้งโรงเรียนไป ทัศนศึกษาและศึกษาดูงานที่ประเทศจีน   ส่งเสริมการกีฬา จนกระทั่งนักเรียนทำชื่อเสียงในระดับประเทศมากมาย ส่งเสริมให้นักเรียนมีความรู้ความสามารถทางด้านวิชาการและเทคโนโลยี อาทิเช่น ได้รับรางวัลชนะเลิศถ้วยพระราชทาน ในโครงการแข่งขันพัฒนาโปรแกรมคอมพิวเตอร์แห่งประเทศไทย ครั้งที่ 3

11. ภราดาเดชาชัย  ศรีพิจารณ์ (ปี 2544-2546)

 ปี พ.ศ.2544  ภราดาเดชาชัย  ศรีพิจารณ์ มารับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 11 ต่อจากภราดา ดร.เลอชัย  ลวสุต  ซึ่งครบวาระการบริหาร ท่านได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารเซนต์มาร์ติน ซึ่งเป็นบ้านพักนักกีฬาโครงการพิเศษ (ช้างเผือก) และอาคารยอห์นแมรี และปรับปรุงอาคารเซนต์แมรี (โรงอาหาร)  เพิ่มหลักสูตรการศึกษาภาคภาษาอังกฤษ English Program (EP) มีการเตรียมบุคลากรด้วยการส่งครูไปศึกษาภาษาอังกฤษอย่างเข้มข้นที่ประเทศอินเดีย นอกเหนือจากการส่งไปอังกฤษ ตั้งหน่วยงานต่างประเทศโดยมีวัตถุประสงค์ที่จะสรรหาบุคลากรครูต่างชาติเข้ามาสอนในโรงเรียนในระดับประถมศึกษา (small class) และดำเนินการจัดหลักสูตรระยะสั้นให้กับนักเรียนไปศึกษาในต่างประเทศช่วงปิดภาคเรียน ดำเนินการปรับปรุงและจัดทำธรรมนูญโรงเรียน ระยะที่ 2 นอกจากนั้นท่านได้วางนโยบายในการบริหาร เพื่อพัฒนาจนโรงเรียนได้รับรางวัลห้องสมุดดีเด่นระดับประถมขนาดใหญ่พิเศษ  ประจำปีการศึกษา 2544 จากสมาคมห้องสมุดแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ  สยามบรมราชกุมารี

 ปี พ.ศ.2545 จัดทำหลักสูตรสถานศึกษาในการเปิดสอนภาษาจีนเป็นภาษาต่างประเทศ ภาษาที่ 2  เริ่มสอนในปีแรก  ที่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 4  และมัธยมศึกษาปีที่ 1  เพื่อเสริมทักษะด้านภาษาต่างประเทศเป็นภาษาที่ 2 ตามธรรมนูญของโรงเรียน  โดยแรกเริ่มมีครูจากประเทศจีน จำนวน 3 คน มาทำการสอนเพื่อให้นักเรียนได้รับประสบการณ์ตรง    โรงเรียนได้รับการตรวจประเมินมาตรฐานและคุณภาพการศึกษา (สมศ.)  อยู่ในเกณฑ์ระดับดี (ระดับ 3) ทุกมาตรฐาน  บุคลากรของโรงเรียนได้รับการส่งเสริมให้เป็นคณะกรรมการตรวจเยี่ยมและประเมินคุณภาพการศึกษาของทุกโรงเรียนในเครือฯ ตลอดปีการศึกษา   และพัฒนาบุคลากรด้านวิชาการและการใช้เทคโนโลยี ซึ่งบุคลากรได้ผ่านการอบรมการจัดทำหลักสูตรสถานศึกษา และอบรมการใช้ E-learning ส่งเสริมให้นักเรียนได้รับการส่งเสริมทักษะด้านภาษาโดยจัดโครงการทัศนศึกษาต่างประเทศ  เพื่อให้นักเรียนได้หาประสบการณ์ตรงกับเจ้าของภาษาอย่างต่อเนื่องทุกภาคเรียน

 ปี พ.ศ. 2546 โรงเรียนได้รับรางวัลพระราชทานในระดับประถมศึกษาขนาดใหญ่ประจำปี 2546 และ  ทีมนักกีฬาฟุตบอลโครงการพิเศษได้รับคัดเลือกเป็นตัวแทนของเอเชีย ไปแข่งขันในรายการ “แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด พรีเมียร์คัพ 2003 เวิล์ดไฟนัล” ที่รัฐโอเรกอน  ประเทศสหรัฐอเมริกา  ได้อันดับที่ 5 จาก 20 ทีมทั่วโลก   ได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารบ้านพักครูต่างชาติ (อาคารเซนต์แอนดรูว์) เพื่อเป็นที่พักของครูต่างชาติในโครงการ English Program, และ Small class ทั้งภาษาอังกฤษ และภาษาจีน ส่งเสริมการจัดการเรียนรู้ด้านภาษาจีนโดยส่งครูไปจัดทำหลักสูตรการเรียนรู้ภาษาจีน และพัฒนาหลักสูตรภาษาอังกฤษ ส่งครู และนักเรียนไปเสริมทักษะด้านภาษาอย่างต่อเนื่อง  พัฒนาบุคลากรโดยจัดทำโครงการพัฒนาคุณภาพครู  ร่วมกับ ผศ.ดร. ประพันธ์ศิริ  สุเสารัจ  อาจารย์คณะศึกษาศาสตร์  มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒประสานมิตร

12. ภราดาอาจิณ  เต่งตระกูล (ปี 2547-2549)

 ปี พ.ศ. 2547 ภราดาอาจิณ  เต่งตระกูล  มารับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 12    ได้ส่งเสริมด้านเทคโนโยลี  โดยปรับเปลี่ยนเครื่องคอมพิวเตอร์ประจำห้องเรียนต่าง ๆ ให้มีความทันสมัย ร่วมในโครงการรณรงค์การประหยัดพลังงานจากเครื่องปรับอากาศ  โดยเน้นให้นักเรียนตระหนักถึงการอนุรักษ์พลังงาน  และสิ่งแวดล้อม  โดยร่วมโครงการคัดแยกขยะกับสถาบัน Knoten Weimar ประเทศเยอรมัน และศูนย์ปฏิบัติการวิศวกรรมพลังงานและสิ่งแวดล้อม  ด้านวิชาการ  ได้ส่งบุคลากรไปอบรมหลักสูตรสถานศึกษาและแนวทางการประเมินผลตามหลักสูตร ได้สานต่อโครงการส่งครูไปศึกษาที่ประเทศอินเดีย  เพื่อฝึกทักษะด้านการสื่อสารโดยใช้ภาษาอังกฤษ   เป็นระยะเวลา 6 เดือน เพื่อเตรียมความพร้อมสำหรับการเปิดสอนหลักสูตร Bilingual พร้อมกับจัดกิจกรรมค่ายภาษาจีน ภาษาอังกฤษ ให้ความรู้กับบุคลากรด้านการวิจัยในชั้นเรียน  ลงนามทำสัญญาซื้อโปรแกรมระบบบริหารและจัดการ E-learning กับบริษัท เฮ้าอ๊อฟเดอะเดฟกรุ๊ป จำกัด เพื่อให้ครูผู้สอนสามารถสร้างบทเรียนบททดสอบผ่านระบบเครือข่าย   พร้อมจัดบุคลาการอบรมการสร้างบทเรียนอีเล็คทรอนิคส์อย่างต่อเนื่อง

 ปี พ.ศ. 2548 ดำเนินการก่อสร้างบ้านพักครูต่างชาติส่วนที่ 2 เพื่อรองรับการขยายตัวโครงการ English Program และเปิดรับครูต่างชาติ ในการเรียนการสอนภาษาอังกฤษ พัฒนาโรงเรียนจนได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทานระดับประถมขนาดใหญ่  ประจำปีการศึกษา 2548  จากกระทรวงศึกษาธิการ  รางวัลเกียรติคุณสัญญา  ธรรมศักดิ์  โรงเรียนส่งเสริมคุณธรรม  จริยธรรมดีเด่น (ระดับมัธยมศึกษา)  ของมูลนิธิธารน้ำใจ  ในโครงการเชิดชูเกียรติสถาบันที่สร้างคนดีให้สังคมด้วยการส่งเสริมคุณธรรมจริยธรรมดีเด่น  เปิดศูนย์ต้านสิ่งเสพติด (Drugs Preventive Center)ในวันที่ 24 มกราคม 2548 เพื่อเป็นแหล่งเรียนรู้ในการป้องกันสิ่งเสพติดและใช้ห้องปฏิบัติการงานป้องกันสิ่งเสพติดและปลูกจิตสำนึกให้กับนักเรียน  โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี  ได้รับการรับรองมาตรฐานระบบการต้านยาเสพติด (QAD) ขั้น A1  จากสำนักงานอาสาสภากาชดไทย   เปิดให้มีการแข่งขันว่ายน้ำสี

 ปี พ.ศ. 2549 โรงเรียนได้รับการประเมินคุณภาพภายนอก  จากหน่วยประเมิน  บริษัท แอล เอส การประเมิน จำกัด  ซึ่งได้รับการเสนอให้เป็นผู้ตรวจของสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) สมศ.  รอบที่ 2   โรงเรียนยังได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทานระดับมัธยมศึกษาขนาดใหญ่  ประจำปีการศึกษา 2549 จากกระทรวงศึกษาธิการ    ได้วางแนวปฏิบัติในการประเมินผลการทำงานของบุคลากร  โดยกำหนดเป็นกฎเกณฑ์สำหรับการวัดประเมินผล

13. ภราดา ดร.ชำนาญ  เหล่ารักผล (พ.ศ.2550-2555)

 ปี พ.ศ. 2550 ภราดาชำนาญ  เหล่ารักผล  มารับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 13 โดยกำหนดนโยบายในการจัดการศึกษาของโรงเรียน 10 ข้อ ตั้งแต่ ปีการศึกษา พ.ศ. 2550-2552 เพื่อการพัฒนาทุกด้าน  สอดคล้องกับนโยบายของมูลนิธิฯ และพระราชบัญญัติการศึกษา ได้ปรับปรุงและพัฒนาด้านเทคโนโลยี โดยปรับเปลี่ยนเครื่องคอมพิวเตอร์สำหรับการเรียนการสอนในห้องเรียน และสำนักงานทั้งหมด  ให้ทันสมัย  เพื่อรองรับการใช้งานผ่านระบบ SWIS ซึ่งเป็นแหล่งประชาสัมพันธ์ข้อมูลกลางของโรงเรียนในเครือมูลนิธิฯ พัฒนาบุคลากรให้มีความรู้ ความสามารถในการจัดเก็บสถิติ ข้อมูล ข่าวสารในการทำงานประจำ เพื่อนำมาใช้ในการบริหารงาน   จัดการเรียนการสอนในวิชาคณิตศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ เป็นภาษาอังกฤษ เป็นปีแรก โดยเริ่มในภาคเรียนที่ 2 ปีการศึกษา 2550 ที่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 เพิ่มจากการเรียนการสอนภาษาอังกฤษ Small Class

ปี พ.ศ. 2551 ปรับโครงสร้างการบริหารโรงเรียน ให้มีขอบข่ายของเนื้องานที่ใกล้เคียงกัน  โดยแบ่งเป็น 5 ฝ่ายได้แก่ ฝ่ายวิชาการ  ฝ่ายกิจการนักเรียน (ฝ่ายกิจกรรมรวมกับฝ่ายปกครอง)  ฝ่ายธุรการ การเงิน (ฝ่ายธุรการรวมกับฝ่ายการเงิน)  ฝ่ายบริหารทั่วไป และสำนักผู้อำนวยการ  เพื่อให้เกิดความชัดเจน และคล่องตัวในการบริหารงาน ดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียน ม.ปลาย (อาคารเซนต์ปีเตอร์)  โดยได้เริ่มดำเนินการตอกเสาเข็มในวันที่ 22 กรกฎาคม 2551  มูลค่าการก่อสร้างประมาณ 150 ล้านบาท ก่อสร้างอาคารบ้านพักนักกีฬาโครงการพิเศษ (อาคารลวสุต) และอาคารของฝ่ายบริหารทั่วไป  จัดการเรียนการสอนวิชาคณิตศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ เป็นภาษาอังกฤษในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 และมัธยมศึกษาปีที่ 1 แทนการเรียน Small Class และเปิดการเรียนการสอนโปรแกรมการเรียนศิลป์ภาษาอังกฤษ  ในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4    พัฒนาทักษะด้านภาษาให้กับครูที่สอนในหลักสูตร English Program  โดยนำไปศึกษาดูงานต่างประเทศ    พัฒนาการบริหารงานบุคคล  โดยมีหน่วยงานบุคคล รับผิดชอบในการจัดเตรียม สรรหา พัฒนา ประเมินผล ดูแล พร้อมแนวปฏิบัติต่าง ๆ เกี่ยวกับการบุคลากรของโรงเรียนทุกหน่วยงานให้เกิดความชัดเจนทั้งการบริหารบุคลากรไทย และบุคลากรต่างชาติ   ปรับปรุงสถานที่ภายในบริเวณโรงเรียนให้มีความปลอดภัย และเพียงพอสำหรับนักเรียน  โดยเริ่มโครงการปรับปรุงสนามฟุตบอล จัดทำลู่วิ่ง อัฒจันทร์ใหม่ ทำรั้ว และถนนเข้าโรงเรียนใหม่ รื้อฟื้นเพลงประจำโรงเรียน (ขาว-แดง) และเพลงโรงเรียนที่มีอยู่เพื่อให้นักเรียนและบุคลากรในโรงเรียนเกิดความรู้สึก และรักสถาบัน  เริ่มนำบทสวดมนต์เป็นภาษาอังกฤษ  เพื่อส่งเสริมให้นักเรียนได้ใช้ภาษาอังกฤษในชีวิตประจำวัน

ปี พ.ศ. 2552 จัดพิธีเปิดตราสัญลักษณ์ 48 ปี อัสสัมชัญธนบุรี จัดการแสดงโขนฉลองครบรอบ 48 ปี แห่งการก่อตั้งโรงเรียน จัดคอนเสิร์ตการกุศลฉลองครบรอบ 48 ปีโรงเรียน พิธีเสกอาคารเซนต์ปีเตอร์ พิธีเปิดสนามกีฬาว่องประชานุกูล พิธีเสกและเปิดอาคารลวสุต เปิดรับสมัครนักเรียนหญิงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 และมัธยมศึกษาปีที่ 1 เป็นรุ่นแรก ปรับปรุงอาคารสถานที่ต่าง ๆ ได้แก่ ปรับปรุงห้องน้ำ ชั้น 2 อาคารราฟาแอล สำหรับนักเรียนหญิงระดับชั้น ป.1 ปรับปรุงห้องน้ำอาคารอัสสัมชัญสำหรับนักเรียนหญิงระดับชั้น ม.1 รื้อถอนอาคารวัดผล ป้อมยาม ห้องศูนย์ต้านยาเสพติด พื้นที่หน้าอาคารเซนต์คาเบรียล อาคารอิลเดอฟองโซ และรั้วด้านหน้าโรงเรียน ก่อสร้างกระถางคบเพลิง ปรับปรุงรั้วด้านหน้าโรงเรียน ความยาว 187 เมตร ยกระดับพื้นที่ด้านหน้าอาคารเซนต์คาเบรียล และอาคารอิลเดอฟองโซให้เป็นที่เดินรถสำหรับรถรับ-ส่งนักเรียน และผู้มาติดต่อกับโรงเรียน ติดตั้งเครื่องออกกำลังกายกลางแจ้ง จำนวน 18 ชุด บริเวณสวนพฤษศาสตร์ เพื่อให้นักเรียน บุคลากร ผู้ปกครอง และชุมชนได้ใช้ประโยชน์ในการออกกำลังกาย ทีมฟุตบอล “เจ้าสัวน้อย” ครองแชมป์เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ รายการแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด – ไนกี้ พรีเมียร์คัพ

ปี พ.ศ. 2553 จัดพิธีประกาศการครบรอบ 50 ปี แห่งการก่อตั้งโรงเรียน ก่อสร้างอาคาร Golden Jubilee โครงสร้างของอาคารประกอบด้วย ชั้นใต้ดิน เป็นลานจอดรถความจุประมาณ 150 คัน ชั้นพื้น เป็นสถานที่จำหน่ายและรับประทานอาหารของนักเรียน บุคลากร และผู้ปกครอง ชั้นที่ 2 เป็นสถานที่เรียน และห้องกิจกรรมต่าง ๆ ชั้นที่ 3 เป็นสนามกีฬาอเนกประสงค์ มาร์ตินยิมเนเซียม ประกอบด้วยสนามบาสเกตบอล สนามตะกร้อ สนามวอลเลย์บอล สนามแบดมินตัน ซึ่งสามารถปรับเปลี่ยนชนิดของกีฬาได้ตามความเหมาะสม นอกจากนี้ยังสามารถใช้สำหรับการประชุม จัดงาน และกิจกรรมต่าง ๆ มีการจัดคอนเสิร์ตการกุศล “ปันน้ำใจ” เพื่อช่วยเหลือโรงเรียนอัสสัมชัยนครราชสีมาที่ประสบเหตุอุทกภัย

ปี พ.ศ. 2554 รับมอบเสาธง 25 เมตร ในโอกาสครบรอบ 25 ปี ของสมาคมผู้ปกครองและครูฯ และฉลองครบ 50 ปี ของโรงเรียน ช่วงระหว่างเดือนพฤศจิกายนถึงเดือนธันวาคม โรงเรียนได้รับผลกระทบจากอุทกภัยเป็นเวลาหลายสัปดาห์ ระดับน้ำที่สูงกว่า 1 เมตร ก่อให้เกิดความเสียหายมากมาย ผู้อำนวยการ และคณะภราดาประจำการเพื่อเฝ้าระวังและดำเนินการต่าง ๆ ให้ทรัพย์สินของโรงเรียนเกิดความเสียหายน้อยที่สุดเท่าที่จะเป็นได้ จัดที่พักอาศัยชั่วคราวที่อาคารมาร์ติน และอาคารลวสุต พร้อมอาหารและน้ำดื่มเพื่อช่วยเหลือครู บุคลากร และครอบครัวของบุคลากรที่เดือดร้อนจากสถานการณ์น้ำท่วม จัดทำข้าวกล่องพร้อมน้ำดื่มมอบให้แก่ประชาชนที่ประสบภัยน้ำท่วม บริการรถรับ-ส่ง ให้กับครู บุคลากร และประชาชนทั่วไปในชุมชนหมู่บ้านเศรษฐกิจ เพื่อบรรเทาความลำบากในการเดินทาง นักกีฬาฟุตบอลโครงการพิเศษได้รับรางวัลชนะเลิศ YAMAHA ASEAN CUP U.13 2011 รอบอาเซียน

ปี พ.ศ. 2555 จัดพิธีเสกอาคาร Golden Jubilee พิธีเปิดธนาคารโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ลงนามความร่วมมือทางการศึกษากับโรงเรียน Oak Hill School และมหาวิทยาลัย Oregon จัดคอนเสิร์ตฉลอง 50 ปีโรงเรียน จัดการประกวดถ่ายภาพ 50 ปี อัสสัมชัญธนบุรี โรงเรียนได้รับรางวัล Energy Mind Award 2011 ระดับ 5 ดาว นักกีฬาฟุตบอลโครงการพิเศษได้รับรางวัลชนะเลิศ YAMAHA ASEAN CUP U.13 2012 รอบอาเซียน

ปี พ.ศ. 2556 รับเสด็จ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเปิดอาคารเรียนเซนต์ปีเตอร์ และอาคารโกลเด้น จูบิลี่  พิธีเปิดมาร์ตินยิมเนเซียม พิธีเปิดศูนย์พัฒนาอัจฉริยภาพทางวิทยาศาสตร์ และคณิตศาสตร์ ระดับประถมศึกษา ทั้งนี้ โรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี เป็นโรงเรียน 1 ใน 12 โรงเรียนที่ได้รับการคัดเลือกให้เป็นศูนย์พัฒนาอัจฉริยภาพฯ จาก สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี (สสวท.) พิธีเปิดห้องรับรอง “อรวัฒนศรีกุล” ลงนามความร่วมมือทางยุทธศาสตร์ พัฒนาฟุตบอลระดับเยาวชน หรืออะคาเดมี่ กับสโมสรเอสซีจี เมืองทองยูไนเต็ด ลงนามความร่วมมือโครงการพัฒนาเทคโนโลยีพลังงานทดแทนเกษตรชลประทาน – อาหารและสิ่งแวดล้อม กับศูนย์ปฏิบัติการวิศวกรรมพลังงานและสิ่งแวดล้อม คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ กำแพงแสน ลงนามข้อตกลงความร่วมมือโครงการพัฒนาผู้มีอัจฉริยภาพทางดนตรี กับคณะดุริยางคศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

14. ภราดา ดร.วีรยุทธ บุญพราหมณ์ (พ.ศ.2556 - 2561)

ปี พ.ศ.2557 ภราดา ดร.วีรยุทธ บุญพราหมณ์  มารับตำแหน่งอธิการลำดับที่ 14 สนับสนุนทุกหน่วยงานในการสร้างสรรค์ผลงานต่าง ๆ มากมาย ทำให้โรงเรียนได้รับรางวัลจากหน่วยงานภายนอกมาอย่างต่อเนื่อง อาทิ รางวัลสถานศึกษายอดเยี่ยมด้านการอนุรักษ์พลังงานและสิ่งแวดล้อม ระดับ 5 ดาว ตามโครงการ Energy Mind Award 2014 รางวัลสถานศึกษาดีเด่นทางวัฒนธรรมด้านดนตรีไทยและดนตรีพื้นบ้าน ระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษา ประจำปี 2557 ของกระทรวงวัฒนธรรม รางวัลชนะเลิศการแข่งขันฟุตบอล รายการ แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด พรีเมียร์คัพ ปี 2014 ได้เป็นตัวแทนประเทศไทย ไปแข่งขันที่เมืองแมนเชสเตอร์ ประเทศสหราชอาณาจักร ตลอดจนมีการเปลี่ยนสโมสรฟุตบอลอัสสัมชัญธนบุรี เอฟซี เป็น สโมสรฟุตบอลอัสสัมชัญ ยูไนเต็ด มีการจัดแสดงละครเพลง สุดสาคร เดอะ มิวสิคัล ณ มหิดลสิทธาคาร มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา มีการจัดพิธีเปิดศูนย์การเรียนรู้พลังงาน สิ่งแวดล้อม และเศรษฐกิจพอเพียง

ปี พ.ศ.2558 โรงเรียนได้รับรางวัลดีเด่นด้านผู้ส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน และพลังงานทดแทนของกระทรวงพลังงาน ในโครงการ Thailand Energy Awards 2015 รางวัลถ้วยพระราชทานพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ โครงการลดเมืองร้อนด้วยมือเรา ปีที่ 11 ได้รับรางวัลสถานศึกษาดีเด่นทางวัฒนธรรมด้านดนตรีไทยและดนตรีพื้นบ้าน ระดับประถมศึกษาและมัธยมศึกษา ประจำปี 2558 ของกระทรวงวัฒนธรรม มีการก่อสร้างอาคารวงโยธวาทิต “อเล็กซิส” ปรับปรุงสนามบริเวณหน้าอาคารรัตนบรรณาคารเป็นสนามหญ้าเทียม การปรับปรุงสนามฟุตบอลว่องประชานุกูล การก่อสร้างลานเอนกประสงค์ ACT Sport Arena และการก่อสร้างอาคารจอดรถ เป็นต้น

ปี พ.ศ.2559 ภราดา ดร.วีรยุทธ บุญพราหมณ์ เดินทางไปเข้าร่วมพิธีลงนามความร่วมมือ ระหว่างโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี กับ โรงเรียนสาธิตมัธยมถงจี้ ณ เมืองเซี่ยงไฮ้ สาธารณรัฐประชาชนจีน โรงเรียนได้รับรางวัลถ้วยพระราชทานพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ โครงการลดเมืองร้อนด้วยมือเรา ปีที่ 11 โดย บริษัท โตโยต้า มอเตอร์ ประเทศไทย จำกัด และมูลนิธิสถาบันสิ่งแวดล้อมไทย ประจำปี 2559

ปี พ.ศ.2560 ภราดา ดร.วีรยุทธ บุญพราหมณ์ ลงนามความร่วมมือทางวิชาการกับสถาบันภายนอกมากมาย อาทิ โรงเรียนประถมถางหู  คณะนิเทศศาสตร์ มหาวิทยาลัยกรุงเทพ โรงเรียนมัธยมชวนซือ ต้าว่านต๋า เมืองเสฉวน สาธารณรัฐประชาชนจีน โรงเรียนได้รับรางวัลชนะเลิศอันดับ 1 “เพชรน้ำเอก” โล่พระราชทาน สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี จากการประกวดโครงการเครือข่ายกรุงเทพฯ สีเขียว มีการจัดพิธีเปิดห้องสมุดอวกาศ Theophane Learning Space มีการจัดการแข่งขันเดิน-วิ่งการกุศล ACT Charity Mini Marathon สร้างอนุสรณ์เพื่อน้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บริเวณสวนกาญจนาภิเษก

ปี พ.ศ.2561 มีการติดตั้ง VDO Wall เวทีหอประชุมหลุยส์ มารี เดอ มงฟอร์ต จัดงานต้อนรับคณะผู้บริหาร ครู และนักเรียนกว่า 17 สถาบัน จากสาธารณรัฐประชาชนจีน ในโครงการหนึ่งแถบหนึ่งเส้นทาง One belt One road ได้รับโล่ประทานรางวัล Energy Mind Award 2017 รางวัลดีเด่นด้านอนุรักษ์พลังงาน ประเภทอาคารควบคุม โครงการ Thailand Energy Awards 2018 รางวัลรองชนะเลิศอันดับ 2 รายการ ASEAN Energy Awards 2018 ด้านพลังงานทดแทน ประเภทอาคารควบคุม ภราดา ดร.วีรยุทธ บุญพราหมณ์ ลงนามความร่วมมือทางวิชาการกับคณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

15. ภราดา ดร.ชำนาญ เหล่ารักผล (พ.ศ.2562-2564)

 ปี พ.ศ.2562 ภราดาชำนาญ เหล่ารักผล มาดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการอันดับที่ 13  (วาระที่ 2 หลังจากย้ายไปเป็นผู้อำนวยการโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา เป็นเวลา 6 ปี ) รับเสด็จทูลกระหม่อมหญิงอุบลรัตนราชกัญญา สิริวัฒนาพรรณวดี ทรงเปิดชมรมและศูนย์เพื่อนใจ TO BE NUMBER ONE ได้รับรางวัลต้นแบบ (Best Practice) สาขาการจัดการพลังงานและสิ่งแวดล้อม รางวัลที่ 1 สาขาการมีส่วนร่วมของภาคส่วนที่เกี่ยวข้อง รางวัลที่ 1 สาขาการจัดการพลังงานและสิ่งแวดล้อม รางวัลที่ 1 สาขานวัตกรรม และรางวัลที่ 2 สาขานโยบายและแผนงาน ในโครงการนวัตกรรมพลังงาน และสิ่งแวดล้อมในสถานศึกษา ENnovation School มีการจัดพิธีเสกรถมินิบัสคันใหม่ของโรงเรียน

 ปี พ.ศ.2563 เกิดสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคไวรัสโคโรนา 2019 (Covid-19) ทำให้ต้องเลื่อนการเปิดภาคเรียนที่ 1 เป็นเดือนกรฎาคม 2563 ภราดา ดร.ชำนาญ เหล่ารักผล ลงนามบันทึกข้อตกลงความร่วมมือเพื่อพัฒนาทักษะด้านหุ่นยนต์และปัญญาประดิษฐ์กับศูนย์เทคโนโลยีโลหะและวัสดุแห่งชาติ เปิดศูนย์ปฏิบัติการ ACT AI Lab ลงนามบันทึกความร่วมมือกับโรงเรียนแบดมินตันบ้านทองหยอด พัฒนาการจัดการเรียนการสอนของ English Program โดยนำศูนย์ภาษาอังกฤษ Bell เข้ามาจัดการเรียนการสอน เพื่อยกระดับการเรียนการสอนภาษาอังกฤษ

 ปี พ.ศ.2564 โรงเรียนได้รับการประเมินคุณภาพจากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน)  ซึ่งประเมินคุณภาพการศึกษาของโรงเรียนอัสสัมชัญธนบุรี ในระดับดีเยี่ยมทั้ง 3 มาตรฐาน ได้การ มาตรฐานด้านคุณภาพของผู้เรียน มาตรฐานด้านกระบนการบริหารและจัดการ และมาตรฐานกระบวนการจัดการเรียนการสอนที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ  เกิดสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคไวรัสโคโรนา 2019 (Covid-19) ระลอกใหม่  ส่งผลให้โรงเรียนต้องจัดการเรียนการสอนแบบออนไลน์ แทนไม่สามารถจัดการเรียนการสอนในภาคเรียนที่ 1/2564 มีการปรับเปลี่ยนรูปแบบการจัดแจกหนังสือเรียนเป็นแบบ Drive Thru โรงเรียนเปิดแผนการเรียน Stem-Bell ในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 และประถมศึกษาปีที่ 4 ปรับปรุงอาคารสถานที่ อาคารรัตนบรรณาคาร เพื่อเป็นศูนย์การเรียนรู้ ACT Learning Space โดย ACT STEM CENTER ได้รับคัดเลือกให้เข้าร่วมโครงการห้องปฏิบัติการ STEM LAB ในระดับชั้นประถมศึกษาของวิทยาลัยอุตสาหกรรมการบินนานาชาติ สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง โรงเรียนได้รับรางวัลชนะเลิศ อันดับ 1 โครงการเยาวชนรักษ์สิ่งแวดล้อม มีการจัดพิธีมอบทุนการศึกษาให้กับทีมนักเรียนที่ได้รับรางวัล The Best Achievement Onboard Award, 1st Place Winner จากการแข่งขันเขียนโปรแกรมเพื่อควบคุมการทำงานของหุ่นยนต์ Astrobee ที่คอยช่วยเหลือนักบินอวกาศในสถานีอวกาศนานาชาติ จัดโดย องค์กรสำรวจอวกาศญี่ปุ่น คนละ 100,000 บาท โรงเรียนเปิดแผนการเรียน Digital Science ในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย และ แผนการเรียน Innovative Intelligence ในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น

16. ภราดา ดร.ศักดา สกนธวัฒน์ (พ.ศ.2565-ปัจจุบัน)